软式内镜洗消机注册证办理需要按照相关法规和标准进行申请。具体办理流程如下：

收集和整理内镜清洗消毒工作站的技术资料、生产工艺、质量标准等相关资料，确保资料完整、准确。这些资料通常包括产品说明书、技术规格、生产工艺、质量管理体系文件、产品检测报告等。

将申请资料提交给国家药品监督管理部门或者指定的医疗器械注册受理机构。

注册受理机构对申请资料进行受理审查，确认资料是否符合要求。

如果申请资料符合要求，注册受理机构将对内镜清洗消毒工作站的安全性、有效性、质量可控性等方面进行审查和评估，并作出是否批准的决定。在这个过程中，可能需要配合监管部门的调查和检查，包括提供相关文件、样品和人员培训等。