一、自营出口优点:
1、方便操作，容易管理
2、出口销售直接免税，不需先垫税款
3、只要单证齐全，符合退税条件，办妥退税手续，在一定期限内，退税款可直接打入公司指定账号，有利于公司资金周转
4、不存在因代理公司违法而被查的风险
5、不需支付代理公司一定的佣金或代理费用
6、无需与代理公司签订代理协议，省去与代理公司单证交接的手续与时间
二、自营出口缺点: 
1、团队成员可能不足、专业水平可能不够
2、可能因操作不专业，导致退税期限延长，不利于资金周转
3、无代理协议保障，得不到代理公司人员支持
4、可能增加出口部门成员的工资和运作费用
5、增加因不专业而带来的违规风险
6、无需增加与代理公司单证交接的手续与时间 

三、代理出口优点:
1、专业、快捷
2、因有专业团队操作，退税周期可能缩短
3、省人、省事，也省去了增加专业人员的费用
4、省去自营操作的难度和麻烦
5、有《代理协议》作法律保障，减少操作风险
6、对公司配合人员要求相对不高 
四、代理出口缺点:
1、不方便操作，不方便管理
2、出口销售只能先视同内销处理，不能直接免税，需垫税
3、需增加与代理公司单证交接的手续与时间
4、需增加代理公司佣金和费用
5、存在收款和被因代理公司被查而受查的风险
6、可能增加代理公司拖延或挪用货款和税款的风险