申请医疗器械经营许可证需要提交以下材料：

营业执照和组织机构代码证复印件。

法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明复印件。

组织机构与部门设置说明。

经营范围、经营方式说明。

经营场所、库房地址的地理位置图、平面图、房屋产权证明文件或者租赁协议（附房屋产权证明文件）复印件。

经营设施、设备目录。

经营质量管理制度、工作程序等文件目录。

计算机信息管理系统基本情况介绍和功能说明。

经办人授权证明。

其他证明材料。

三类进口医疗器械许可证的办理流程如下：

申请人向行政受理服务中心提出申请，按照本《须知》第六条所列目录提交申请材料，受理中心工作人员按照《境内第三类、境外医疗器械注册申报资料受理标准》的要求对申请材料进行形式审查。申请事项依法不需要取得行政许可的，应当即时告知申请人不受理；申请事项依法不属于本行政机关职权范围的，应当即时作出不予受理的决定，并告知申请人向有关行政机关申请；申请材料存在可以当场更正的错误的，应当允许申请人当场更正；申请材料不齐全或者不符合法定形式的，应当当场或者在五日内一次告知申请人需要补正的全部内容，逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理；申请事项属于本行政机关职权范围，申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照本行政机关的要求提交全部补正申请材料的，应当受理行政许可申请。

申请事项依法需要取得行政许可的，应当自收到申请材料之日起五日内作出是否受理的决定，并书面通知申请人；需要延期的，经卫生厅批准后可以延长十日，并书面通知申请人。

自受理申请之日起二十日内作出行政许可决定。二十日内不能作出决定的，经卫生厅批准后可以延长十日，并书面通知申请人延长的理由。

自作出决定之日起十日内向申请人颁发、送达医疗器械经营企业许可证。