二类医疗器械经营备案办理流程：

1. 企业准备备案所需的材料，包括企业营业执照、办公场所租赁协议或房屋证明和从业资格证书。

2. 提交备案申请，通常可以通过国家药品监督管理部门指定的在线平台进行申请。

3. 国家药品监督管理部门对申请提交的材料进行审核，确保其完整、真实、符合要求。

4. 部分情况下，国家药品监督管理部门可能进行现场核查，确保企业的实际经营状况符合备案要求。