分子量是指化合物的理论、真实分子质量，质谱分子量是指利用质谱技术测得的分子质量，通常指质谱检测到的化合物离子的质荷比（m/z），二者在数值上可能不是完全相等的，质荷比通常需要特殊换算才能得到待测物的真实分子质量。质谱是通过将待测物电离成带电离子，检测离子的质量与电荷比值来实现多种鉴定的分析方法。当待测离子带一个正/负电荷时，质谱图中的质荷比数值就刚好为该离子的相对分子质量；当待测离子带2个或2个以上的电荷数时，则需要将检测到的质荷比值乘以其所带的电荷数，才能得到该离子的真实分子质量。此外，根据所用的质谱仪与流动相的不同，所检测到的质荷比数值还可能为M+H、M+NH4+、M+Na、M+K等。
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