多肽是由肽键连接的不同氨基酸单元组成的与蛋白质结构类似的生物分子，但是分子量大小远远小于蛋白质。多肽与蛋白质之间没有明确的界限，通常将分子量小于10kDa的由10~100个氨基酸脱水缩合形成的化合物称为多肽。
要明确对多肽的检测是自上而下还是自下而上首先要了解什么是自上而下和自下而上。自上而下和自下而上是两种不同的蛋白质质谱分析策略，自下而上策略是指将完整蛋白质酶切成小分子的肽段，质谱仪直接检测的是小分子肽段，通过对小分子肽段的鉴定从而实现蛋白质的鉴定，即经过了蛋白质-肽段-蛋白质的过程；而自上而下策略则是直接对完整蛋白质进行质谱检测。多肽处于蛋白质和肽段的中间状态，一些分子量较小的多肽相当于蛋白酶解后的肽段大小，可以直接利用质谱进行检测，可以理解成自上而下策略；而一些分子量较大的多肽，既可以采用自上而下策略直接进行质谱检测也可以利用自下而上策略将其酶解后再进行质谱检测。
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