医疗器械经营许可证的法律责任主要包括以下方面：

未经许可从事第三类医疗器械经营活动的，依照医疗器械监督管理条例第八十一条的规定处罚。

医疗器械经营许可证有效期届满后，未依法办理延续手续仍继续从事医疗器械经营活动的，责令限期改正，并处1万元以上5万元以下罚款；情节严重的，处5万元以上10万元以下罚款；造成危害后果的，处10万元以上20万元以下罚款。

医疗器械经营企业擅自变更经营场所、经营范围、经营方式、库房地址的，责令限期改正，并处1万元以上5万元以下罚款；情节严重的，处5万元以上10万元以下罚款；造成危害后果的，处10万元以上20万元以下罚款。

三类进口医疗器械许可证办理基本流程如下：

企业向相关部门提交注册申请，包括详细的产品信息、技术文件、临床试验数据（如果有）、质量管理体系等。

相关部门对提交的资料进行初步审查。

如果初审通过，相关部门可能会进行现场核查，检查企业的生产设备、厂房、质量管理体系等情况。

进行生产企业的审核评估，评估企业的管理水平、质量控制体系等。

需要经过医疗器械生产许可证评审委员会的评审。

如果评审通过，相关部门会颁发三类进口医疗器械许可证。