抗体蛋白是由两条分子质量较小的轻链（L链）和两条分子质量较大的重链（H链）通过二硫键结合形成的四肽蛋白分子。靠近肽链氨基端（N端）的氨基酸序列不稳定，变化较大，此区域称为抗体的可变区（Variable region，V区），而靠近羧基端（C端）的氨基酸序列较稳定，称为恒定区。
抗体可变区是特异性识别某一抗原的关键区域，在很大程度上决定了抗体的特异性，多变的氨基酸组成和排列顺序形成了可结合不同抗原的抗体。研究抗体可变区的序列有助于揭示抗体的功能以及确定抗体功能的正确性。目前，抗体可变区序列分析的策略主要有直接法和间接法两种，直接法就是直接对抗体可变区的氨基酸序列进行分析，如Edman降解法和质谱法；间接法就是通过该可变区对应的基因序列对氨基酸序列进行推测，该方法所得到的是理论推测质值，通常需进一步确认。
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