蛋白质是生命物质的承担者，是维持机体正常生命活动必不可少的物质，几乎所有生物体都含有蛋白质，这些不同组织以及生物体来源的蛋白质都可以作为蛋白质组学的研究对象。进行蛋白质组学研究的第一步就是制备合乎检测条件的蛋白样本，不同的组织收集和提取蛋白质的方法不同，进行不同的蛋白组学分析所需的蛋白量也存在差异，下表列举了几种常见蛋白质组学样品的制备方法和样品量需求。
样品类型
收集/预处理方法
建议用量
定量蛋白组学
修饰蛋白组学
动物组织（脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等）
用生理盐水或PBS清洗剔除了无关干扰组织的样本组织上的血渍和污染物，并用吸水纸吸去表面液体，再将组织剪切成0.5 cm3或 100 mg 左右的小块，用液氮速冻5 min以上，于-80℃保存
>200mg
>200mg
植物组织（幼嫩的根、叶、花、果、愈伤组织等）
地上部分离体前用无菌水清洗，地下部分离体后用预冷的PBS清洗杂质，无尘纸吸干表面液体后将样品切成小块，锡纸包裹或放入冻存管与液氮中速冻5 min以上，并于-80℃保存
>1g
>2g
血浆
采集的血液加入EDTA抗凝剂和蛋白酶抑制剂，4℃，1600 g离心 10 min，将上层血浆转移到离心管中，加入蛋白酶抑制剂，混匀，瞬时离心
>500 ul
>2ml
血清
采集的血液静置15-30min，4℃，1600 g离心 10 min，收集上层淡黄色血清与离心管中，加入蛋白酶抑制剂，混匀，瞬时离心
>500 ul
>2ml
悬浮细胞
将细胞悬浮液400 g-1000 g离心5-10 min，去上清，用预冷的PBS进行重悬并以相同的条件再次离心，收集细胞沉淀液氮速冻5min，保存于-80℃
>1×107个细胞
或>50ul
>5×107个细胞
或>200ul
贴壁细胞
用移液器吸除培养基后小心加入灭菌的PBS，平放轻轻摇动1min洗涤细胞，然后弃PBS，用干净的细胞刮棒将细胞刮于培养皿的一侧，将细胞尽量全部转移至离心管中，液氮速冻5min，保存于-80℃
>1×107个细胞
或>50ul
>5×107个细胞
或>200ul
微生物
将菌体培养基4℃，3000-5000×g离心10 min，收集菌体沉淀，用预冷的PBS清洗沉淀3次，用相同的方法离心收集沉淀液氮速冻5min，保存于-80℃
>100mg或>100ul
>300mg或>300ul
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