蛋白甲基化是真核和原核生物中常见的翻译后修饰方式，常发生在组蛋白和非组蛋白如转录调控因子、细胞信号通路分子以及肿瘤抑制蛋白等蛋白分子上。甲基化分析的主要任务就是鉴定蛋白是否发生甲基化、发生甲基化的氨基酸位点以及甲基化的水平。
目前，蛋白甲基化分析方法主要有高效液相串联质谱法和抗体法。质谱法凭借其高通量、高精度和高准确性等优势已成为当前蛋白甲基化分析的重要工具，大致分析流程是先将待测蛋白进行水解，消化成小分子肽段，再进行甲基化肽段的富集，利用串联质谱检测经高效液相分离后的甲基化肽段，Z_U_I后将质谱数据结合生物信息学分析对甲基化位点等信息进行解析。
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