自然人开发票的涉税问题涉及以下几个方面：

增值税问题。自然人代开增值税发票，一般是按照1%的征收率计算应纳税额。但也有特殊情况，例如对于其他个人出租不动产（不含住房），按照5%的征收率计算应纳税额；对于其他个人出租住房，按照5%的征收率减按1.5%计算应纳税额。

能否代开专票。自然人开发票，是可以代开专票的。公司租赁个人的房产办公，可以要求个人去税务局代开房租的增值税专用发票，不过需要按照规定的税率支付税费。

季度免税额度。自然人开发票有一个季度免税额度，但是这个免税额度不是所有发票都可以适用的。分摊后的月租金收入未超过10万元的，免征增值税。但是这个免税额度仅适用于按照5%的征收率计算的增值税应纳税额，不适用于按照5%的征收率减按1.5%计算的应纳税额。

开发票的合法性。自然人开发票需要注意代开地点的合法性，应在货物销售地、劳务发生地、服务提供地、工程施工地等合法地方进行代开，否则代开的发票可能会被认为是无效凭证。

除了以上涉税问题，还需要注意，开发票时必须如实开具发票，任何虚开发票的行为都是不允许的。同时，支付自然人的劳务报酬不超过500元的，也可以用收款凭证进行税前扣除。