新繁殖的微生物及其释放出的有害有味气体和大量有害代谢物和碎片——这之中有很大一部分是高效过滤器不能阻挡的，于是就构成了微生物二次污染。软接头也是微生物二次污染一个重要来源，净化车间工程，这是因为软接头通常不保温，结露就在这里发生。对医用洁净室来说，即使是少量软接头也必须采取双层或保温软接头的措施。后，组合式空调机组所有接缝处都应作密封处理，合肥净化车间，表冷器凝结水排水管上设水封，以保证空调器密闭不漏风。
洁净室内密封控制重点，洁净室内密封控制重点内容是围护结构密封施工质量，万级净化车间，如板材与板材之间应均匀涂密封胶，达到严密不漏风。洁净室内嵌壁器械柜与墙体之间、壁板上安装的插座、开关、烟感探测器、照明箱体及医用灯带、观片灯等都需要用密封胶进行密封，且器械柜中的各种管道和箱体之间也都必须采用可靠和有效的密封措施。
送回风管道质量控制，送回风系统管道的密封，是为防止不洁净的空气进入风管，阻止了风管内受污染的空气渗透出去，从而可满足洁净室内的洁净度和延长高效过滤器使用时间。
在洁净手术室内，患者率可降低10倍以上，食品净化车间，从而可以少用或不用会伤害患者系统的。既要无尘又要无菌是洁净手术室的特点。医院洁净室包括手术室、产科、婴幼儿病房、ICU(监护室)、病房及解剖室、净化实验室、人工透析室、标本室等，其工程质量与质量有着直接而重要的关系。医院洁净手术室的设计，我国《洁净室施工及验收规范》(以下简称“规范”)强调，新风必须遵循三级过滤的原则。
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