在这一阶段污泥负荷的增加较快，这是因为污泥对手废水的驯化过程基本完成，厌氧颗粒污泥供应，污泥的活性增加。这一阶段末期，污泥的洗出由于颗粒污泥的形成而减少，颗粒污泥的良好沉淀性能使其保留在反应器内。这一阶段里，反应器内的污泥浓度由于絮状污泥的洗出降低到底的程度。而实际上，在反应器里对较重的颗粒污泥和分散的、絮状的污泥进行了选择。
生物滤池中的吸附净化一般要经历以下几个步骤：①废气中的有机污染物首先同水接触并溶解(或混合)于水中，即由气膜扩散进入液膜；②溶解(或混合)于液膜中的有机污染物在浓度差的推动下进一步扩散到生物膜内，进而被其中的微生物捕获并吸收；③进入微生物体内的有机污染物在其自身的代谢过程中作为能源和营养物质被分解，终转化为无害的化合物。 在净化过程中，厌氧颗粒污泥批发，总吸收速率主要取决于气、液两相中的有机污染物扩散速率(气膜扩散、液膜扩散)和生化反应速率。
启动第三阶段: 这一阶段指反应器负荷超过5KgCOD/(m3.d)。在这一阶段里，絮状污泥变得迅速减少，河南厌氧颗粒污泥，而颗粒污泥加速形成，直到反应器内不再有絮状污泥存在。在这一阶段反应器负荷可以增加到很高，当反应器大部分被颗粒污泥充满时，其大负荷可以超过50 KgCOD/(m3.d)。衡量能否获进料量和缩短进料时间的化验指标定控制发挥性脂肪酸VFA不大于500mg/L。
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