股权转让企业所得税税收监管的工作重点在股权转让性质判定、价值评估方法的应用等方面。由于目前对如何使税务机关及时或同步监管企业股权转让行为方面尚没有适合实际操作的办法和制度，多为事后发现处理，难免出现税收流失，未来收益及风险评定，因此制度和办法的及时建立健全是当务之急。其次，在股权转让反审查，尤其在价值评估方法的实际准确应用上，很多基层税务机关应用能力较弱，因此，提高税务机关监管此类业务的能力是关键所在。
《企业所得税法》规定股权转让需按照公允价值进行。无论是关联方间的股权转让还是第三方间的股权转让，都应当采用股权的公允价值来确定转让收益。然而，项目未来收益及企业偿债能力评级，在实际操作中，仍有许多股权转让，特别是关联方间的股权转让，项目实施运营方案及未来盈利分析，以低于公允价值的价格进行，从而减少甚至不产生转让收益，进而降低、逃避纳税。部分税务机关已意识到上述问题的存在，沈阳未来收益，并在关联交易的税务稽查中对股权转让尤其是按成本或者以低于公允价值的价格进行的股权转让给予特别关注。
企业股权价值评估方法主要有：资产价值评估法、现金流量法、市场比较法和期权价值评估法等四种。资产价值评估法资产价值评估法是利用企业现存的财务报表记录，对企业资产进行分项评估，然后加总的一种静态评估方式，主要有账面价值法和重置成本法。账面价值是指资产负债表中股东权益的价值或净值，主要由投资者投入的资本加企业的经营利润构成，计算公式为：目标企业价值=目标公司的账面净资产。
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