袋进袋出过滤器的组成类似于组合式空调机组，是根据使用需要将不同的功能单元组合拼装于袋进/ 袋出箱体（BIBO Housing）内。常用的功能单元包括：预过滤器（Pre-filter）、高效粒子过滤器（ H E P A ）、高效气体吸附过滤器（HEGA）、精细扫描检测装置（Precision ScanTest Sections）等。 一般情况下，袋进袋出过滤器由过滤单元与检测单元两部分组成，最简单的过滤单元仅包含高效粒子过滤器，如果空气在进入袋进袋出过滤器之前没有其它过滤设备，则需要配置预过滤器保护高效粒子过滤器，如果过滤气体有吸附要求，则配高效气体吸附过滤器；检测单元指自动（或者手动）精细扫描检测装置。 除了以上的主要组件，袋进袋出过滤器箱体上还有一些配套的设备，比如压力表、测压孔、快速连接口等，这些部件与箱体之间都设置了微型的高效粒子过滤器，以保证与外界的隔离。袋进袋出过滤器加上与之配合的气密隔离阀（Bubble Tight Iso-lation Dampers）组成了完整的空气过滤隔离系统，在北美此系统称为“ 隔离防护系统（ContainmentSystems）”。
