首先，招商加盟合同的性质一定是一份合同，是合同就会有认定合同无效的基本规则。这些规则主要规定在《合同法》第五十二条，根据该条规定，有以下五种情形：
一、一方以欺诈、胁迫手段订立合同并损害国家利益
此种情形有两个地方需要解释清楚。
一是欺诈、胁迫手段。欺诈的行为模式主要是故意告知合同相对方虚假信息和故意隐瞒真实情况，目的在于诱使对方做出错误的意思表示而签订合同;胁迫是指一方当事人向对方当事人表示施加危害，使相对人迫于内心恐惧而做出的签约意思表示。
二是损害国家利益。如果仅仅是存在欺诈、胁迫情形还不能却认为合同无效，必须还要求因为采取欺诈、胁迫手段签订的合同损害到国家利益，该合同才会无效。
第二、恶意串通损害国家、集体或者第三人利益
需要解释的是合同签订双方故意相互勾结损害到国家、集体或者第三人利益。要求主观上双方存在故意，客观上造成了国家、集体或者第三人的损害。
第三、以合法形式掩盖非法目的
这类合同从形式上看已经具备合法形式，但是合同的内容隐藏有非法目的。非法目的指的是会给国家利益、公共利益或者第三人利益。
第四、损害公共利益
损害公共利益意味着改合同生效履行后就会给公共利益造成损害，至于行为人是否故意在所不问。
第五、违反法律、行政法规的强制性规定的合同无效
此种无效情形的适用需要判断合同是否违反效力性强制性规范，如果违反了才确认合同无效。
其次，实践中，商业招商加盟合同的无效判定主要看该合同是否违反效力性强制性规范，关于效力性强制性规范的判断问题就已经是个很大的法律争议。
争议多的是两种情况：一是主体不合法对招商加盟合同效力的影响，二是招商加盟合同中约定的经营资源出了问题对招商加盟合同效力的影响。
先说主体不合法的情况，主体不合法中常见的又有两个问题：
一是特许人是否必须是企业?
二是不具备“两店一年”条件是否会导致合同无效?
关于特许人是否必须是企业?根据《招商加盟管理条例》第三条规定：“企业以外的其他单位和个人不得作为特许人从事招商加盟活动。”该条高人民法院已经根据对广西高人民法院的批复明确了属于效力性强制性规范，如有违反，签署的招商加盟合同归于无效。
关于不具备“两店一年”条件签署招商加盟合同是否会导致招商加盟合同无效?因为“两店一年”条件是否具备，从本质上讲属于判断特许人是否有成熟经营模式的依据，是考察特许人能力是否达到从事招商加盟活动要求的一个指标。所以，模式不成熟是一个合同履行能力的问题，不是影响合同是否存在的问题。所以，不具备“两店一年”条件相对人可以主张解除合同或者撤销合同，但是鲜有主张合同无效获得法院认可的。
第二个情况是经营资源会不会影响招商加盟合同的效力?
虽然，经营资源是影响招商加盟合同履行的重要条件，实践中也有个别法院的判决认定如果特许人不具备经营资源，招商加盟合同无效。但是，绝大多数法院坚持判决招商加盟合同有效，理由跟不具备“两店一年”条件一样，法院认为没有经营资源只能说明特许人欠缺完全履行合同义务的能力，被许可人向法院主张解除或者撤销该招商加盟合同更有利于保护被特许人的利益。
但是，如果招商加盟合同的合同期限超过了经营资源的权利期限，则所有法院都会认定超过期限部分无效。
综上，招商加盟合同被法院认定为无效的情形主要的是两种：
1、 签订招商加盟合同的特许人是非企业形式;
2、 招商加盟合同约定的期限超过经营资源权利期限，超过部分无效。