商务主管部门仅就特许人违反《条例》第二十四条、二十五条、二十六条、二十八条的行政违法行为实施监督管理，对于特许人与被特许人因各种原因而产生的合同纠纷，应由当事人自行协商或者选择通过司法途径解决。
对特许人不按照《条例》规定办理备案申请的，应该如何处理？
特许人不备案的原因，一般来说有几种情形，一是不知道应该申请备案；二是不具备条件申请备案；三是认为备案不备案没有区别，采取观望的态度；四是已经不再从事特许经营活动。鉴此，应该针对不同情况分别予以对待，一是要加大宣传力度，建立信息交流平台，加强行业自律，促进行业的健康发展。二是积极发挥协会、专业的法律服务机构作用，加强其与政府管理部门和企业之间的合作、沟通，帮助企业提高经营管理能力和风险防范与预测意识。三是加强对企业的经营指导。对于具备条件未能备案的，应该积极敦促其备案；对于条件不成熟但是一直在从事特许经营的企业，应该帮助企业成就条件；对于不具备备案条件但一直从事特许经营的企业，应该采取有效的行政处罚措施，既遏制其从事特许经营活动，同时善意提醒已经签署特许经营合同的被特许人，通过协商的方式处理好已经签署的特许经营合同。
已经备案公告特许经营企业，经营过程中存在欺诈等违法行为并经查证属实时，应如何处理？
根据《商业特许经营备案管理办法》第十二条的规定，特许人存在欺诈行为经查证属实的，备案机关有权依据法定程序，视其欺诈行为的具体情节和后果，依法责令其整改或者撤销特许人备案，并通知特许人。构成合同欺诈的，被特许人还可以通过司法手段请求特许经营合同的撤销与损失的赔偿，构成诈骗犯罪的还可以依法追究刑事责任。
特许人申请备案的经营资源与经营活动中所实际使用的经营资源不一致时，应该如何处理？
经营资源是特许经营活动的核心，根据商务部特许经营信息管理系统的功能，特许人申请备案提交的经营资源是能够在公告中查询的，这种公告可以视为特许人对其经营资源信息的披露，如果在实际经营中所使用的经营资源与备案提交的经营资源不一致，可以视为特许人披露信息不实，并依据《条例》第二十八条的规定处罚。
特许人申请备案的合同样本与实际经营活动中适用的合同不一致，是否可以视为虚假披露信息？
根据《合同法》的有关规定与自治原则，合同经特许人与被特许人协商一致后可变更或者修改，合同样本与实际活动中的合同不一致，不能简单视为特许人虚假披露信息。
特许人在从事特许经营活动时不具备“两店一年”的条件，但是在行政机关接受举报查处时具备了该条件，应该如何处理？
“两店一年”是衡量特许人是否具备持续指导能力和成熟模式的量化标准，如果特许人在行政处罚前已经具备“两店一年”的条件，行政机关应该责成其尽快依据《条例》第八条的规定申请备案，逾期未能通过备案的，行政机关可以依据《条例》第二十五条的规定处罚。
特许人备案的体系与实际经营体系不符，应该如何处理？
有两种可能，一种是备案时提供虚假材料；另一种可能是特许人在变更特许经营体系以后未能及时申请变更。如果是前者，备案机关可以据此依据《商业特许经营备案管理办法》第十二条的规定撤销其备案；后者则可以视为特许人对外披露的特许经营体系信息不真实，商务主管部门可以依据《条例》第二十八条的规定予以处罚。