沉水植物除了通过根、叶吸收水体中的氮、磷及控制水体中营养盐浓度外，还可在光合作用过程中产生氧气扩散到根际并进入沉积物，影响沉积物氮、磷的循环。相关研究表明，沉水植物覆盖的区域中，氧气可以渗透至沉积物表层20 mm处，而在无沉水植物覆盖的区域，氧气的渗透深度仅4 mm；沉积物中的Fe2 在沉水植物根际氧化作用下形成Fe3 ，并与PO43--P形成铁-磷复合体，抑制磷从沉积物释放到水体中。同时，沉水植物通过促进沉积物-水界面的反硝化作用，还原硝盐，释放出分子态氮(N2)或一氧化二氮(N2O)，减少水体中的氮营养盐。
当缺乏沉水植物时，浮游动物的种群密度处于较低水平(<1 ind/L)，而浮游植物的密度则处于较高水平(38 mm3/L)；当沉水植物的PVI>15%~20%时，大量供应矮生苦草，浮游甲壳类动物生物量处于较高水平，且体型较大的个体居多 。由此可见，沉水植物群落在一定程度上可保证浮游动物的种群数量，实现对浮游植物的控制，有利于维持湖泊的清水状态。
沉水植物的生态效应机理
不同营养级的上行效应(Bottom-up Effect)和下行效应(Top-down Effect)相结合维持着生态系统群落结构的稳定。沉水植物对无机环境的影响以及与其他生物之间的相互作用(图1)保证了生态系统中上行效应和下行效应及其他级联效应的正常发挥 。
在天然环境的湖泊中，湖泊水体清澈，太阳光照能够穿透水体到达沉水植物表面，大量供应矮生苦草基地，为沉水植物（初级生产力）光合作用提供能量，而沉水植物光合作用能够为湖泊生态系统中的其他生命体提供氧气。因此，沉水植物在水生生态系统中发挥着重要的功能。它不仅能够为水体中生命有机体提供避难所以及食物，由于其生理结构特殊性，还能够消风减浪，抑制湖泊沉积物的再悬浮，降低悬浮颗粒物浓度，促进水体中磷的沉降，减少沉积物磷释放，大量供应矮生苦草哪家好，改善沉积物的特性，降低营养盐释放率，从而维持整个湖泊生态系统的稳定（图1）。
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