焚烧处理虽然能解决占用宝贵的土地资源问题，但垃圾焚烧造成的二次污染问题不能得到很好控制，焚烧产生的致癌物质二嗯英(Dioxin)对环境造成不良影响。同时，垃圾焚烧厂的建设费用和运行费用高昂，生化垃圾处理机厂家供应，产生的电能不足以负担起焚烧厂日常费用，地方政府财政负担较大。垃圾中的含氯塑料的不完全燃烧，是空气中二嗯英(Dioxin)的主要来源。
垃圾堆肥也是处理垃圾的一种有效方式，是利用微生物降解有机物从而转化为有用的肥料。既能处理垃圾，又可以再资源化。但我国目前生活垃圾分类不力，垃圾中常常存在粗大垃圾以及不可堆肥化物质，加大了堆肥的前期处理难度。同时，生活垃圾用来堆肥，生化垃圾处理机型号齐全，数量巨大，养分不足。长期使用垃圾堆肥肥料容易对土壤和地下水造成污染，限制了堆肥处理推广。
畜禽饲料生产
厨余垃圾营养物质丰富，制作饲料优势明显。厨余垃圾制作饲料的方法主要有物理法和生物法。物理法是把厨余垃圾经过脱水、干燥、消毒和粉碎等过程，直接制成饲料，该方法工艺简单，生化垃圾处理机多少钱，操作容易，成本低，但存在较大的隐患。生物法是先利用酵母菌、乳酸菌等微生物对厨余垃圾进行发酵，然后烘干，制成蛋白饲料。在我国，饲料的需求量比较大，将厨余垃圾制成饲料的技术潜力巨大，但由于厨余垃圾收集、运输等过程中分类不，导致可能混进一些有害物质，因此存在的隐患。
1、有氧堆肥
将厨余垃圾堆放在一起或至于专门的发酵容器中，然后添加复合微生物菌剂，进行有氧发酵。据研究餐厨垃圾生产的有机肥所含的有机质、氮、磷、钾均高于多数的传统堆肥原料指标。在大力倡导有机农业、生态农业的今天，利用厨余垃圾生产有机肥发展前景广阔。该法简单易行，但发酵所需时间较长，且密闭不好易产生臭气，目前，已有适合家庭使用的堆肥发酵桶上市。
2、厌氧堆肥
将厨余垃圾放到密闭的容器中进行厌氧发酵，使有机大分子的有机物分解转化为以为主的沼气的过程。沼气是具有很高经济价值的燃料，可用来生火做饭，沼液、沼渣可作为肥料，生化垃圾处理机，发酵过程密闭，不会对周围环境造成污染，但需要修建专用的沼气池，前期投入大，技术要求高。现在部分农村地区有所采用。
3、蚯蚓堆肥
通过蚯蚓的摄食来消化厨余垃圾，蚯蚓本身是良好的饲料和中药材，而蚯蚓粪是上好的有机肥料。蚯蚓养殖需要的技术环境条件。高盐分、高油脂的剩菜等厨余垃圾不适合用来养殖蚯蚓。
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