在选用支原体PCR法检测来替代药典方法时，需要考虑如下两个方面：
首先一步是要使用符合欧洲药典要求，经过全方面验证的支原体检测试剂盒，第二部是自我验证，即确认所用的样本基质对于该试剂盒方法是合适的，并且操作过程是正确的。小规模的室内验证通常需要采用三个不同批次的试剂盒，然后加入10CFU的标准品，做复孔（通常是8个复孔），并且至少选择3个支原体物种进行验证。
有的支原体标准品厂家会提供CFU与基因拷贝数的比值，以方便二者的换算。因为10CFU只能确定PCR能够达到的检测限在10CFU以下，但无法具体确定灵敏度的数值。带DNA拷贝数标定的基因组DNA标准品则可进一步确定检测限的数值。
PCR方法很有用，但需要避免假阴性，验证时应使用阳性对照、阴性对照、无模板对照和内控对照，以保证PCR反应正常，以及支原体少量存在时确实能检出来，支原体不存在时也确保是结果阴性，从而使得PCR方法在工业应用时能确保zui终结果的可靠。
ELISA定量测定
ELISA操作步骤复杂，影响反应因素较多，特别是固相载体的包被难达到各个体之间的一致，因此在定量测定中，每批测试均须用一系列不同浓度的参考标准品在相同的条件下制作标准曲线。测定大分子量物质的夹心法ELISA，标准曲线的范围一般较宽，曲线zui高点的吸光度可接近2.0，绘制时常用半对数值，以检测物的浓度为横坐标，以吸光度为纵坐标，将各浓度的值逐点连接，所得曲线一般呈S形，其头、尾部曲线趋于平坦，中央较呈直线的部分是相对理想的检测区域。
测定小分子量物质常用竞争法，其标准曲线中吸光度与受检物质的浓度呈负相关。标准曲线的形状因试剂盒所用模式的差别而略有不同。ELISA测定的标准曲线注意图中横坐标为对数关系，这更有利于测定系统的表达。
PCR方法已广泛用于科研，在工业中也有不断扩大应用的趋势，它包括检测一些病原体、检测支原体污染、检测细菌污染以及检测残留宿主DNA等。
PCR在工业中的应用主要存在一个方法验证的问题，尤其是灵敏度的验证。灵敏度不够，就会发生漏检。另外，PCR所直接面对的样本是DNA，Small RNA提取试剂盒，而非病原菌或DNA，因此还需要做DNA抽提，这也是要注意的。
因此，如能采用PCR检测支原体并替代药典方法，还是能节省很多时间和精力。但PCR方法的验证需要较为完整。灵敏度验证是一个重要方面。灵敏度不够，就会发生漏检。《欧洲药典》第2.6.7章（EP 2.6.7）和《日本药典》第十七版第G3章（JP G3），都规定，对于核酸扩增法（如PCR）检测支原体，如替代传统的培养法，都要求检测限达到10 CFU/ml。
具体验证可使用10CFU的支原体灵敏度标准品，它一般为冻干粉形式，需要用待测样本的样本基质（需保证里面不含支原体）来复溶，再进行DNA抽提以及PCR检测。如检测的电泳有条带，或者qPCR检测后的Ct值小于40，即表明检测成功。
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