等位基因特异性PCR(Allele- specificPCR. ASPCR技术
ASPCR依赖于引物3”-端的一个碱基错配，不仅减少多聚酶的延伸效率，而且降低引物-模板复合物的热稳定性。这样有点突变的模板进行PCR扩增后检测不到扩增产物.可用于检测基因点突变。
单链构型多态性PCR(single- strandconformational polymorphism PCR， SSCPPCR)技术
SSCP- PCR是根据形成不同构象的等长DNA单链在中性聚丙1烯酰胺凝胶中的电泳迁移率变化来检测基因变异。在不含变性剂的中性聚丙1烯酰胺凝胶中，单链DNA迁移率除与DNA长度有关外，更主要取决于DNA单链所形成的空间构象。相同长度的单链DNA因其顺序不同或单个碱基差异所形成的构象就会不同，PCR产物经变性后进行单链DNA凝胶电泳时，每条单链处于一定的位置.靶DNA中若发生碱基缺失、插入或单个碱基置换时.就会出现泳动变位。从而提示该片段有基因变异存在。
原位PCR仪
它是由主机，加热模块，玻片，热盖，控制软件组成。主要是应用对细胞或组织内的DNA部分片段进行原位扩增分析-即定位分析，如病源基因在细胞的位置或目的基因在细胞内的作用位置等。是保持细胞或组织的完整性，RNA扩增试剂盒，使PCR反应体系渗透到组织和细胞中，在细胞的靶DNA所在的位置上进行基因扩增，不但可以检测到靶DNA，又能标出靶序列在细胞内的位置，于分子和细胞水平上研究疾病的发病机理和临床过程及病理的转变有重大的实用价值。它无需将细胞破碎提取DNA，细胞内有DNA酶的作用扩增受到一定的影响，使用不是很普遍。
该仪器主要应用于医学临床研究，如癌细胞等。
复合PCR(multiplex PCR)技术
在同一反应中用多组引物同时扩增几种基因片段.如果基因的某一区段有缺失则相应的电泳谱上这一区带就会消失。复合PCR主要用于同一病原体的分型及同时检测多种病原体、多个点突变的分子病的诊断。
重组PCR技术
重组PCR技术是在两个PCR扩增体系中，两对引物分别由其中之一在其5°-端和3-端引物上带.上一段互补的序列混合两种PCR扩增产物.经变性和复性。两组PCR产物互补序列发生粘连。其中一条重组杂合链能在PCR条件下发生聚合延伸反应，产生一个包含两个不同基因的杂合基因。
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