全面推行便利化通关模式。对跨境电子商务实行“清单核放、集中纳税、代扣代缴”通关模式，并探索建立适应跨境电子商务业态发展的转关物流方式，研究推进跨境电子商务全国通关一体化。建立检疫为主、基本风险分析及产品追溯的质量安全监管机制。加强关检合作，实现 “一次申报、一次查验、一次放行”。
创新跨境电子商务监管流程。将B2B、B2C等跨境电子商务交易模式全部纳入综合试验区试点范围，设计不同交易模式的监管流程，推动建立货物贸易与服务贸易、进口与出口的标准化监管流程。
建立负面清单监管制度。根据国家对进出境商品的有关管制措施，建立“网上交易管理”负面清单。设立各监管部门互评互认的“企业信用评价系统”和“个人信用系统”，对开展跨境电子商务业务的经营企业、支付机构实行信用评级，对相关监管场所经营人及个人进行信用评估，形成“公共信用管理”负面清单。
建立产品质量安全监控制度。建立和完善跨境电子商务产品检验检疫质量安全风险国家监测中心、检验检疫审批信息平台和检验检疫监管系统。对跨境电子商务企业及其产品实施信用管理及风险管理等措施。打造跨境电子商务质量安全示范区。
探索税收管理规范化便利化。对纳入综合试验区“单一窗口”平台监管的跨境电子商务零售出口的货物，出口企业未取得合法有效的进货凭证，在平台登记销售方名称和纳税人识别号、销售日期、货物名称、计量单位、数量、单价、总金额等进货信息的，可在2016年底以前暂执行免征增值税的政策。探索便利化退税管理模式，推行出口退税“无纸化管理”，简化流程，便利办税。发挥保税区功能，鼓励采用保税备货方式，降低运营成本。
发挥行业组织自治作用。鼓励电子商务企业、非营利性组织、第三方平台、评价机构等建立行业自律体系，积极引导构建以平台为中心的市场自治机制及惩处机制，防范和遏制走私、洗钱以及危害国家安全等违法行为。
（二）建立“单一窗口”综合监管服务平台
建立企业和商品的信息备案认证体系。建立备案企业信息共享库，统一备案要求，实现企业“一次备案、多主体共享、全流程使用”。建立商品溯源数据库，汇聚生产、交易、通关、物流、支付、结算及评价等综合信息，实现商品进出口全流程可视化跟踪和交易商品的“源头可溯、去向可查、风险可控、责任可究”。
建立信息交换共享机制。以“单一窗口”为平台，建立信息交换共享机制，打通“关”“税”“汇”“检”“商”“物”“融”之间的信息壁垒，实现监管部门、地方政府、金融机构、电子商务企业、物流企业之间信息互联互通，实现跨部门、跨行业、跨地区信息的共享交换、协同作业，建立间的联合执法新模式，形成“信息互换、监管互认、执法互助”的新型政府管理模式。
提升数据管理服务能力。建立跨境电子商务数据标准，建立数据信息传输、开放、共享和使用的规则规范，保障系统及数据安全，依法保护各接入方的合法权益，增强数据开发、大数据服务等功能，提升数据管理服务能力。