物流成本、订单和海外营销效果已成为电子商务的三大难题。
《2021-2022跨境出口电子商务增长白皮书》（以下简称白皮书）分析指出，2020年跨境电子商务的逆势而上吸引了许多新卖家进入跨境电子商务行业。一些外贸工厂和国内电子商务也转向了海外市场。大量新玩家的涌入将不可避免地抢占物流、FBA库容等资源。此外，人才短缺和低价竞争也是许多卖家不可避免的挑战。
Pacvue泊客电子商务董事长唐朝辉表示，跨境电子商务出口企业普遍面临着日益激烈的竞争、交通困难、物流缓慢、成本增加、合规运营挑战等诸多问题。与此同时，海外消费者对线下消费的隔离产生了巨大影响，破坏了传统出口贸易的所有中间环节。全球贸易供应链正在重塑，这将产生深远的影响。
在跨境电子商务企业面临的实际困难中，物流成本上升、订单不稳定和海外营销效果差。40%的企业面临物流成本上升和渠道不畅的问题；34%的企业面临订单不稳定、没有新订单或用户取消订单的问题。62.8%的中国进口跨境电子商务用户认为，进口电子商务平台的物流需要改进。二是检查产品质量。
自2021年4月以来，国内跨境电子商务公司在亚马逊平台史上迎来了一波严峻的头衔潮。5月份，亚马逊平台集中治理范围继续扩大。此外，谷歌、Facebook等海外主流社交媒体平台也更新了广告、隐私跟踪等平台政策。在加强用户个人信息保护的同时，对广告商的限制显著增加。超过5万名卖家的账户被关闭，导致付款无法及时收回，资本链存在问题，对上下游产生了巨大影响，包括外贸工厂和海外仓库。
在这方面，商务部回应说：我们将帮助企业提高风险控制水平，加强与国际经贸规则和标准的联系，坚决支持企业采取合理措施保护其合法权益。
许多跨境电子商务公司表示，这一事件迫使跨境企业变得更加独立，更加关注自己的品牌和私有领域流量的运营。同时，如何做独立的车站排水将成为跨境卖家面临的新挑战。网络名人营销作为一个主要的排水渠道，将被更多的企业纳入营销战略框架作为一个重要的环节。
报告显示，在风险应对方面，43%的跨境电子商务企业选择加强合规管理，利用国际规则降低平台治理风险和法律合规风险。同时，34%的跨境电子商务企业将深入布局海外生产基地、海外仓库等设施，通过本地化运营降低相关风险，改善用户体验。此外，一些企业选择依靠行业力量报告集团供暖，或通过政府补贴资金渡过难关。