除了高涨的运费之外，跨境电商在新兴市场面临的物流问题更加严峻，这些市场受限于其本身发展阶段与建设水平的影响，其在物流方面普遍存在航班班次少、清关和后一公里配送难的问题，与成熟的欧美市场相比，效率相对较低，成本更高。
业内人士认为，建设高水平海外仓是解决物流问题的有效途径，但是海外仓背后巨大的成本问题不容忽视，因为建设海外仓储不仅需要支付昂贵的仓储费用，而且规模、信息化服务能力差异也会产生不同的结果，如果在综合服务能力上达不到高效率，就很难在海外仓的成本和效益上取得平衡。
除了大的供应链物流方面的困境，跨境电商还面临品牌建设以及平台运营模式选择的困境——随着消费者更加强调对产品品质的追求，曾经以“量”和“价”争夺市场的优势正在逐渐褪去，品牌正在对跨境电商发挥越来越重要的作用。企业也开始注重品牌化建设，通过品牌溢价来提升商品附加值，商品出口将趋于精品化、品牌化。据海关总署统计，2021年在整个跨境电商出口中，拥有自主品牌的商品仅占17%，与我国整体跨境电商规模相差甚远，大多数产品仍局限于山寨和加工，总体上品牌影响度不高。从出口的商品品类看，服装、鞋类初加工商品居多，高附加值的精品占比较低。
不难看出，我国跨境电商的品牌建设还比较薄弱，品牌塑造及传播对于大多数跨境电商而言仍是一个挑战。如果电商企业不能塑造自己的品牌，就很容易陷入同质化与价格战的困境。
目前，跨境电商所采用的运营模式主要包括第三方平台模式和独立站模式，随着第三方平台对于卖家的监管日益严苛，独立站模式有望加速发展。
独立站模式的优势在于商家拥有很高自主权，不受平台挤压和限制。同时，商家通过收集与分析客户信息，可用于后续选品与营销，逐渐形成自己的客户群体。但是独立站的劣势也非常明显，那就是成本高，这不仅体现在建站投入成本上，还包括流量成本。
相比于第三方平台自带流量，独立站只能依靠自主引流。但是，由于媒体资源几乎被几大巨头垄断，流量成本始终居高不下，在流量成本持续高支出的情况下，独立站生存压力颇大。同时，创建独立站既要运营商品还要对平台进行运营维护，这对企业运营提出了非常高的要求。
贸易市场在跨境电商中处于举足轻重的地位，推进贸易市场多元化是大势所趋。北美和欧洲是跨境电商的主要战场，有超过一半的企业进入到这两个地区。