据美国音乐和视频零售商Kaspien CEO Kunal Chopra表示，“2021年面临的供应链问题至少在2022年上半年依然存在。跨境电商的竞争已经从销售转移到供应链的较量，采购流程中的需求洞察、成本控制等关键要素正变得困难，同时因为时效性、安全性和合规性的要求，供需之间的矛盾也越来越突出，跨境电商供应链的协同与整合变得尤为重要。”
业内人士一致认为，物流是跨境电商发展的核心链条，同时也是目前制约跨境电商发展的主要瓶颈——相关数据显示，跨境电商物流费用在整个跨境电商的成本通常占到交易额的 20%-30%，而国内电商物流成本率仅在5%以内。
疫情暴发后，随着海运价格的持续上涨，跨境电商物流成本更是高得离谱。在2019年前的10多年时间里，一个40尺标准集装箱从中国运到美国西部的海运费，大概在2000美元左右。但在过去两年，价格涨到了2万美元，同时因为供不应求，还需要“抢”。
2022年四个月，虽然海运费从1.8万美元的高点，降到了 8000美元左右，但是和2000美元比起来，依然高出了4倍之多。同时，很多做跨境电商的人士认为，去年海运费也曾大幅下降过，但是很快又涨起来了，今年大概率也会重蹈覆辙。
除了高涨的运费之外，跨境电商在新兴市场面临的物流问题更加严峻，这些市场受限于其本身发展阶段与建设水平的影响，其在物流方面普遍存在航班班次少、清关和后一公里配送难的问题，与成熟的欧美市场相比，效率相对较低，成本更高。
业内人士认为，建设高水平海外仓是解决物流问题的有效途径，但是海外仓背后巨大的成本问题不容忽视，因为建设海外仓储不仅需要支付昂贵的仓储费用，而且规模、信息化服务能力差异也会产生不同的结果，如果在综合服务能力上达不到高效率，就很难在海外仓的成本和效益上取得平衡。
除了大的供应链物流方面的困境，跨境电商还面临品牌建设以及平台运营模式选择的困境——随着消费者更加强调对产品品质的追求，曾经以“量”和“价”争夺市场的优势正在逐渐褪去，品牌正在对跨境电商发挥越来越重要的作用。企业也开始注重品牌化建设，通过品牌溢价来提升商品附加值，商品出口将趋于精品化、品牌化。