跨境物流运输伴随着订单小、周期长、频率高以及退换货等问题，但目前跨境物流体系无法**契合中小跨境电商 B2C 出口企业业务发展需求。我国中小跨境电商 B2C 出口企业面对的客户群体尤其是欧美消费者的无条件退换货习惯，大大提高了企业的退换货率。
政治、文化、法律、海关及汇率风险跨境物流在海关方面存在清关障碍。主要是因为跨境电子商务企业对目的国海关监管制度的忽视，以及目的国海关存在贸易壁垒这两点。 跨境电子商务贸易还会遇到到汇率兑换的问题。 当一个国家的货币升值或者贬值时，税率就会随之而发生变化，因此就间接地削减了跨境电商企业的利润。
2013年 11 月，原告陈某向杭州市滨江区人民法院提起诉讼。 起诉的原因是原告在被告创办的速卖通平台通过合法方式购买，共产生 27 笔交易，前 16 笔被告均确认放币，但是后 11 笔以销售虚拟产品为由拒绝放币，并在原告已经确认收币的前提下仍然把货款退还给原告，造成原告损失共计 1000 多美元，原告请求判决被告偿还损失。 较终案件审判结果显示，原告以被侵权为由要求被告偿还损失的诉讼请求，依据不足，不予支持。
退换货问题。电子商务自身所具有的特点，造成了较高的退换货比例、严重的货品丢失、较长的物流周期、地址的错误配送以及复杂的海关检查等众多问题，这就产生了退换货物流。在退换货返回国内的过程中，受跨境通关和物流影响导致其成本大幅增加，对于一些价格偏低的货物来说，其价值还没退换货产生的费用高，这就使中国跨境电商难以做好对跨境货物的退换。