跨境物流发展相对落后，加剧企业经营难度目前，跨境物流的发展现状制约和阻碍了中小跨境电商B2C 出口企业的发展。跨境物流相较于国内物流成本高及周期长的缺点会大幅度增加了企业的经营成本，很大程度上影响消费者的购物体验和重复购买率。
物流信息化程度低与信息系统对接不畅目前我国跨境物流公司处理信息的能力水平不高，这一情况可以直接反映出我国跨境物流信息化程度较低的现实。在跨境电子商务环境中需要对来自不同渠道的物流信息进行资源整合，建立通畅的信息通讯渠道，以确保信息的及时性和完整性，否则就会对跨境电子商务的发展产生直接或间接的影响。
网络风险跨境电商通过网络支付进行出易，进出易需要机构提供跨境支付业务才能顺利进行，交易过程存在很多网络安全问题，主要包括以下两种形式。*种形式是支付风险。 通过第三方完成出易需要提供跨境支付业务，目前我国跨境电商很多，例如财付通、支付宝和 Paypal 等，其中有些可能存在经营不合理的情况，交易过程中可能会有很大的风险。以为例，本身是一种，交易过程中可以节省很多中间环节的支付，几秒钟就能迅速转账成功，但是使用进行支付同样也存在支付风险。
物流信息问题。邮政小包模式是当前跨境物流采用较多的方式，但使用邮政经常会无法及时追踪到物流信息，顾客无法准确得知货物所处的地点、环节以及送达时间。交易双方信息不对称造成了这种“不透明”的跨境物流，从而导致顾客对跨境电子商务有着较差的满意度和较低的忠诚度。另外由于物流运输涉及两个国家，而且国家之间具有不同的发展水平，从而造成物流信息得不到很好的衔接。