pcr引物设计 南京英瀚斯 商洛pcr

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RNA提取

1.弃去培养液,用PBS清洗两次1-2。

2.弃去PBS,用1000u1吸干净残余PBS。

3.加1ml TRIZOL研磨B 41。

4. 1.5mIEP管标号与每孔相对应备用。

5.研磨好的溶液转移至对应的 EP管中国。

6.往每个EP管中加入250ul,剧烈震荡30s, 冰上静置12min[问l。

7. 所有样品4C离心,转速: 13500转1分钟,时间: 15min.

8. 再次标记一批同样编号EP管。

9.离心后吸上清液400u1移入相应编号的EP管中,再加入400ul异充

分混匀。4C冰箱35min。

10. 4C离心,转速: 13500转1分钟,实时荧光定量pcr,时间: 10min.

11.弃去.上清液,商洛pcr,加1m175%乙醇,轻摇7]。

12. 4C离心,10600转/分钟,时间: 5min.

13. 弃上清液滤纸吸干。

14. 加DEPC水10ul溶解,-80C保存。进行逆转录前测浓度。

组织RNA提取

1、剪米粒大小组织块放入EP管中标号。

2、EP管中加300ul trizol浸泡30分钟或更久。

3、用研磨棒研磨,以肉眼很难看到组织为宜。

4、加700u1 trizol静 置5分钟。






RIP

技术概述

RIP是研究体内蛋白与RNA互作的重要技术。该技术先用甲醛等试剂交联细胞内的“蛋白-RNA”互作复合物,基因检测多少钱,裂解细胞后,用靶蛋白特异的抗l体(或标签抗l体)做免l疫沉淀,获得“靶蛋白-RNA”互作复合物,去交联分离其中的RNA;针对预测的靶蛋白结合RNA的序列设计引物,

做qPCR实验,验证预测的RNA是否与靶蛋白有结合,或者将分离出来的RNA做高通量测序,筛选到可能与靶蛋白结合的RNA。

技术流程


细胞交联-→细胞裂解-→免l疫共沉淀→去交联→RNA分离→建库→高通量测序(或qPCR)。









18.引物是经过PAGE纯化的,为什么还有碱基缺失或插入?

答:理论上分析型PAGE变性电泳,可以区分引物之间一个碱基的差别。但是制备PAGE电泳,上样量都是非常大,电泳时的条带非常宽,带与带之间有重叠,分辨率已下降,电泳后割带回收目的引物时,很难说不割到差别仅几个碱基的引物。国内有一个不好的现象,PAGE纯化的引物,pcr引物设计,特别是长引物要的量都比较高,导致割的条带有时可能比较宽。建议:您如果减少OD数,引物遇到的问题可能就会少一些。

19. TaqMan 探针设计的基本原则是什么?

答:下列原则供您参考。

◆TaqMan 探针位置尽可能靠近扩增引物(扩增产物50-150bp),但不能与引物重叠。

◆长度一般为18-40mer 。

◆G-C含量控制在40-80%左右。

◆避免连续相同碱基的出现,特别是要避免GGGG或更多G出现。

◆在引物的5"端避免使用G。

◆选用比较多的碱基C。

◆退火温度Tm控制在 68-70C   左右。

有用的荧光染料参数




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发布时间
2022-09-22 22:53
所属行业
化工项目合作
编号
30342810
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