医疗废物先消毒后再破碎，对破碎环节影响较小，破碎过程不会担心有害病菌混入空气，但蒸汽要穿透大块物料较困难；因破碎的是危险废物，在破碎过程中有害病毒会对人体造成危害，要求破碎的上、卸料及破碎都必须密闭和自动操作，因而先破碎后蒸汽处理形式具有较大隐患，但破碎废物有利于有效消毒，也不用担心医疗废物被二次利用；蒸汽处理与破碎同时进行时减少了中间环节，既解决了蒸汽的穿透性，又减少中间污染，也起到了医疗废物毁形的目的，但技术要求较高，不利于设备控制管理。
微波杀毒是微波热效应和生物效应共同作用的结果，在一定强度微波场的作用下，菌体会因含有极化分子吸收微波能升温，从而使蛋白质变形，医疗垃圾处理设备，失去生物活性，快速杀菌。微波消毒技术不产生和恶臭气体，无废水排放。
焚烧工艺较适合规模较大的医疗废物处置，30t/d以上的医疗废物处置往往采用回转窑焚烧等技术。小规模医疗废物焚烧设施（如3t/d、5t/d），虽然其所有工艺环节（如尾气急冷、脱酸、袋滤等）都与大规模焚烧设施类似，但实现达标排放有较大的难度。一是需要配置要求的焚烧尾气在线监测装置等设施，投资大；二是小规模焚烧设施来料不稳定，难以实现稳定连续运行，对尾气处理工艺造成的波动较大，在频繁的起炉和停炉间歇过程中存在污染，维持燃烧需要的辅助燃料成本极高，实现达标排放难。高温蒸汽、微波、化学和高温干热等技术因具有可以间歇运行、运行费用低、适应性强、二次污染少、不产生等污染物、易于操作管理、运行效果稳定等优点，比较适用于小规模的医疗废物处理处置。
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