残渣处理必须采取有效的防止二次污染的措施。
对于主要的噪声设备如:破碎装置破碎损伤性废物、泵、风机等，要采取基础减震和加装消声器等消声措施，厂界噪声应符合《工业企业厂界噪声标准》(GB12348-90)。
医疗废物处理的终产物是较为干燥的无害医疗废物，可作为生活垃圾进行卫生填埋或焚烧，根据当地生活垃圾的处理方式而定。.
处理厂更换的直接与医疗废物接触的备品备件、废弃的防护用品等属于危险废物，应进行消毒处理后才能处理。
基于中国在医疗废物非焚烧处理技术方面还未出台相应的标准的情况下，建议采用欧洲，美国和加拿大的标准，即各种非焚烧处理技术其消毒指标都必须满足三级标准要求，即对细菌繁性l病殖体，真菌，亲脂性/亲水性l病毒，寄l生虫和分支杆l菌的杀灭对数值达到6以上.对嗜热脂肪杆l菌芽孢(B. stearothermophilus-ATCC 7953)或枯草杆l菌黑色变种芽孢(B. subtilis -ATCC 9372)的杀灭对数值达到4以上.
在采用微波消毒处理过程中需要破碎，因而，病菌通过浮质来进行散发形成废气.因此，为了控制空气污染，破碎过程应该在封闭的系统中操作，或者是消毒系统处于负压状态，并使排出的气体通过高l效颗粒空气净化器和其它的过滤器过滤后排放.为了防止环境污染，过滤器滤膜应定期更换，并按照医疗废物进行处理.另外，医疗废物处理设备价格，微波消毒会有恶臭产生，处理设施主车间应能够提供充足的通风来减少空气中的气味.由于该部分气体只是气味难闻，实际上已经过消毒处理，对人体无害，应设置脱臭装置处理后排放.
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