影响微波消毒效果的因素有:医疗废物的性质，含水率，温度，医疗废物量，协同剂.
含水率
水是好的吸收微波材料，吸收微波是微波消毒的必要条件，所以待处理的医疗废物的含水率对消毒效果影响明显.含水率影响具有三层意义:不含水分的材料难以用微波消毒，固体废弃物处理设备，这已被大量试验研究证明.细菌芽孢经过脱水处理后微波照射很难将其杀灭.处于干燥状态的大肠杆l菌比液体中的细菌芽孢对微波抗力还强.含水率可因微波输出功率大小和照射时间长短而具有不同范围.含湿量过高使消毒效果下降.一般情况下，在其他条件不变时，含湿量过大后即负载量过大，使能量分布密度降低，从而使微波消毒效果降低.因此，医疗废物中含水量的大小与微波消毒处理效果具有密切的关系.
作用温度低，热损失较慢:微波与普通加热若产生等量的热效应，其作用到物体上的温度要明显低于普通加热.普通加热l销毒所需温度在120℃以上作用 20min;而微波消毒升温只在70-105℃，作用1.5-5min.
作用快速:电磁波能量转换过程速度极快，可在 10-9s之内完成.在消毒速度上比其他消毒因子快速.
对生物体作用无选择性:微波对所有生物体的作用相同而无选择性，其消毒菌谱广，可杀灭各种微生物和病原体等.
微波消毒后废物，无毒性，无残留物，损坏轻.微波消毒所需工作环境与占地面积小，对周围环境不致形成高温，清洁卫生.
环境污染小:不产生酸性气体及二恶l英等污染物.
微波杀毒是微波热效应和生物效应共同作用的结果，在一定强度微波场的作用下，菌体会因含有极化分子吸收微波能升温，从而使蛋白质变形，失去生物活性，快速杀菌。微波消毒技术不产生和恶臭气体，无废水排放。
焚烧工艺较适合规模较大的医疗废物处置，30t/d以上的医疗废物处置往往采用回转窑焚烧等技术。小规模医疗废物焚烧设施（如3t/d、5t/d），虽然其所有工艺环节（如尾气急冷、脱酸、袋滤等）都与大规模焚烧设施类似，但实现达标排放有较大的难度。一是需要配置要求的焚烧尾气在线监测装置等设施，投资大；二是小规模焚烧设施来料不稳定，难以实现稳定连续运行，对尾气处理工艺造成的波动较大，在频繁的起炉和停炉间歇过程中存在污染，维持燃烧需要的辅助燃料成本极高，实现达标排放难。高温蒸汽、微波、化学和高温干热等技术因具有可以间歇运行、运行费用低、适应性强、二次污染少、不产生等污染物、易于操作管理、运行效果稳定等优点，比较适用于小规模的医疗废物处理处置。
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