节能:微波加热具有独道之处.其他加热方式都是先加热物体表面，然后热量由表面传到内部;而用微波则可对物体内部直接加热，加热均匀，无能量损失，能量高，对废物处理时，穿透性强，瞬时即可穿透到物体内部.
对不同性质的材料作用不同:对有损耗介质材料可直接进行消毒，对无损耗介质可借助有损耗介质进行消毒，还可以利用微波可穿透而又无损耗的材料作为消毒包装材料.
移动式医疗废物微波消毒车生产方，一桶桶医疗废物会通过车尾的自动传送带，直接送至微波消毒车中毁形、破碎，然后进行45分钟、95摄氏度的微波杀菌、消毒。经过冷却，处理后排出的残渣由密闭的出料系统输送到废渣转运车，终跟随普通生活垃圾一起，进行填埋处理或送到发电厂焚烧。全套设备仅需电力驱动，只需一名工作人员便可独立完成操作，可大限度降低能量损耗，节省处理成本。
影响微波消毒效果的因素有:医疗废物的性质，含水率，温度，医疗废物量，协同剂.
温度
医疗废物的温度对消毒作用有影响，温度低，医疗废弃物处置设施方案，达到消毒温度所需热量多，因而消耗微波能量高，照射时间长.
医疗废物量
医疗废物量与消毒效果的关系主要取决于微波对废物的穿透深度.穿透深度的含义是:电场强度或者功率减少到表面处的 36.8%的距离.需要对医疗废物进行消毒时，其医疗废物的厚度一般不应大于微波对医疗废物的穿透深度.在厚度适当的条件下，消毒处理的废物越多，需要照射时间长，才能达到消毒要求.
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