海外仓模式存在较大的进口清关风险跨境电商平台交易是实质上的DDP交易，卖家要负责办理进口清关手续。不同国家的海关法规则有所不同或者海关法的临时变更很多时候没有引起卖家注意都可能造成海外仓发货办理进口清关时遭到进口国海关的处罚以及后续更严格的监管审查。这样会导致企业此后的通关成本增加，通关速度大幅度下降，以致可能严重影响企业业务活动。
但是据悉有很多个城市已经向海关总署提出了申请试点城市的要求。各电商平台的变化:从初的海淘、代购，到跨境试点期间出现各种小的跨境电商的参与，乃至后来出现了的垂直电商，发展到如今的京东、网易国内电商巨头的强势介入，国外亚马逊等开发中国跨境市场。
加快以国际准则为基础的信用体系建设，建立跨境电商产品安全追溯体系，研究制定惩罚性赔偿、销售者先行赔偿、责任保险等制度，推行跨境电商企业产品质量“黑名单”制度，预防假冒伪劣产品的出现。为顺利解决跨境电商交易过程中产生的国际争端，政府需要积极参与国际间商榷，并且完成争端解决体系的共同建设，继而使跨境电商的利益得到保障。
分析跨境出口电商公共海外仓优化运作目标，这是评价公共海外仓运作绩效的起点，也是跨境出口电商业务创新发展的必要要求。具体包括提升跨境物流效率、降低跨境物流成本、提升跨境电商客户体验、提升本土化服务能力、创新跨境电商模式以及提升跨境供应链价值创造能力等方面。