建立一体化监管格局，进一步提高跨境电商通关效率为了提高跨境电商的物流效率，缩短物流时间，国内一些城市已经开始探索建立专门的海关合作协议，通过构建区域通关监管一体化管理格局，极大的提高的服务整体效能，建议国内积极出台与沿线国家的海关互联共通协议，通过信息的互联，政策的互认，减少海关操作环节，大幅度提升跨境电商物流的效率。
例如，位于深圳前海湾的某现代化仓库，其投资和规模都很大，却主要倚靠人工拣选线，暂时没有实现自动化管理，这也是我国物流人才供需不对称的一个缩影。信息化程度不高是制约我国跨境电商物流业发展关键的一个因素。当前我国物流企业还是以中小型企业为主，多数物流企业还停留在POS?机和条码技术层面，操作人员把主要精力放在制作单证等琐事上，采用原始的手工操作作业，低效的同时也容易出现差错，这其实是对人力资源的一种极大浪费。
企业联盟为了更好地进行商品物流效率的提高，克服各种物流渠道的不同缺点，相关民营企业可以与部分国际快递企业建立合作的关系，可以通过协议的方式，根据输送商品的种类来进行专门物流线路的设置。这种合作模式一个民营企业是无法完成的，因此，企业之间要进行联盟，一起共同享有这一专门的物流线路以及相关优惠政策，从而不断优化民营企业的整体物流水平。但这种合作方式只适用于民营企业聚集的地方，若分布较为分散的地区则不适合这种合作模式。
退换货问题。电子商务自身所具有的特点，造成了较高的退换货比例、严重的货品丢失、较长的物流周期、地址的错误配送以及复杂的海关检查等众多问题，这就产生了退换货物流。在退换货返回国内的过程中，受跨境通关和物流影响导致其成本大幅增加，对于一些价格偏低的货物来说，其价值还没退换货产生的费用高，这就使中国跨境电商难以做好对跨境货物的退换。