目前，由于灵敏度所限，多数方法需要在标记和分析前对样品进行适当程序的扩增，不过也有不少人试图绕过这一问题，如 Mosaic Technologies 公司引入的固相 PCR 方法，表面氨基修饰的处理方法，引物特异性强，无交叉污染并且省去了液相处理的烦琐； Lynx Therapeutics 公司引入的大规模并行固相法 (Massively parallel solid-phase cloning) ，可在一个样品中同时对数以万计的 DNA 片段进行，表面氨基修饰，且无需单独处理和分离每个。
1.简易芯片
制作简易芯片时，使用机械臂把大量已知或未知序列的DNA片段点在--张很小的玻璃片(通常为2cmX2cm)或尼龙膜上，再经过物理吸附作用达到固定化(cDNA 芯片)。也可以直接在玻璃板表面进行化学合成，从而得到寡聚核苷酸芯片。将芯片与待研究的eDNA或其他样品杂交，经过计算机扫描和数据处理，便可以观察到大规模的基因群在不同组织、同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达基因调控情况。简易芯片一般的基因数量少(一般不超过2000)，主要用于研究小部分特定基因的表达状态。简易芯片一般可以用于手工制作或者机械手点样。
其发展契机主要来自于现代遗传学的一些重要发现，并直接收益于该领域的某些重要研究成果，即在载体上固定寡核苷酸的基础上以杂交法测序的技术。因此发展早期，表面氨基修饰厂家，微阵列芯片有时被通俗的称为“生物芯片（Biochip）”，硅表面氨基修饰，目前媒体和科普读物中仍然常用该名称。微阵列芯片经过近十年的主要发展期，国内外学术界渐渐采用名称Microarray（微阵列芯片），而Biochip（生物芯片）由于这名称容易混淆微阵列芯片和微流控芯片，渐渐该领域用的越来越少了。
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