微阵列芯片的优势在于可同时扫描大量感兴趣的基因，但其研究的瓶颈也在于此。一次实验会产生大量的数据， 如何分析这些数据并得出在生物学上有意义的结论 ， 是微阵列芯片技术进一步发展完善的重要课题。在这方面需要借助于计算机技术和多种统计学方法 。在现在应用的多种数学模型之间还没有进行过大规模的对照研究 ， 因而对于它们的效能尚不能给予充分 、 的评估。
基因芯片是一种中小型剖析设备，能够迅速和准确地科学研究生物基因信息。制做基因芯片时，金属表面羟基化，可以用机械手臂把很多已经知道或不明编码序列的DNA片段点在玻璃镜片(一般为2cmX2cm)、铜片或尼龙膜上，再经物理吸附功效做到固定化(cDNA芯片)。可以直接在金属板或金属表层开展有机合成，从而获得寡聚核糖核苷酸芯片。 
2.大规模基因心片
大规模基因芯片通常涉及基因组规模与数量(一般大于10000个基因)，表面羟基化过程，分别采用接触式点样、非接触式点样或者半导体技术制备样品。接触式点样方法包括点样元件或点样元件中的液体和芯片基片间有直接接触的各种方法。非接触式芯片制备方法包括各种芯片制备中不需点样元件和芯片基片间直接接触的各种技术，表面羟基化，其样头的是以可控的方式从喷嘴中喷出小体积的液滴。半导体制备技术指借鉴计算机芯片制造业中的微型化加工方法的基因芯片制备技术。基因芯片的工作流程如下:
(1) 经大规模PCR扩增获得独立cDNVA插入片段。
(2)用机械手将 PCR产物点在玻璃板上，变性、固定。
(3)分 别从不同或组织中分离mRNA.反转录生成cDNA.
(4)用 不同的荧光染料标记不同或组织的cDNA。
(5)将标记好的 cDNA与点好的芯片进行杂交。
(6)激光扫描芯片杂交结果， 计算机处理。
(7)分 析杂交数据。
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