质谱根据离子化方法分类：基质辅助激光解析电离（MALDI，激光照样品与基质形成的共结晶薄膜，基质从激光吸收能量传给生物大分子，电离生物分子将质子转到生物分子或从生物分子得到质子.TOF原理是离子在电场作用下加速飞过飞行管道，根据到达检测器的飞行时间不同而被检测，质核比与其飞行时间成正比。作图时浓度为纵坐标质核比为横坐标。用胰蛋白酶处理时主切Lys和Arg，Arg灵敏）、电喷雾电离（ESI， 使大质量有机分子离子化，有小分子带电残基机制和大电子离子蒸发机制。
质谱仪对工作环境有较高要求，所以室内必须有空调，并保持室内通风。质谱仪的真空度不能过低。质谱分析仪是按照离子的质荷比(m/z)不同，分离不同分子量的分子，测定分子量并进行成分和结构分析的一种精密、的仪器。质量分析器：在离子源中产生的不同动能的正离子，在中加速，增加能量后在质量分析器将带电离子根据其质荷比加以分离。
任何定量分析方法都需要建立实验测量信号与待分析物的量的关系。很幸运的是，在质谱中，通常也可以建立这样的关系，因此质谱信号是可以用于定量的。质谱信号的产生按时间顺序粗略分为三个步骤，质谱仪厂家，即离子的产生，传输与检测。产生离子时，不同样品分子的电离通常是相互独立的。因此样品量越多，其产生的离子也就越多。目前常用的各种离子化方法（EI、ICP、ESI、MALDI等）在实验中（严格来说仅在一定浓度范围内——术语是动态范围，dynamic range）都至少满足样品量与产生离子量的正相关，一般情况下也可以进一步近似成线性相关。
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