和有害菌竞争营养和生存空间位点。枯草芽孢杆菌作为一种喜温需氧菌，在激活之后，会消耗土壤中大量的营养物质，并迅速大量繁殖。并且存在于土壤内、表层以及植物根系周围，阻止土传病原菌的侵染和危害。有害病原菌由于营养物质缺少和生存空间的缩小，生长和繁殖会受到抑制。进而植物的根部病害会逐渐减轻或消失。
提高作物的免疫力，增强抗病能力，促进作物生长。枯草芽孢杆菌在生长繁殖的过程中，能够产生大量的维生素以及生物酶，能够激活和增强作物的抗病防御能力，对土传病原菌的危害具有很好的预防和防治效果。并且能够产生活性物质，类似细胞分裂素和植物生长激素，可以促进作物种子和幼苗根系的生长和发育，提高吸水吸肥能力，促进作物健壮，进而可以提高作物的自身抵抗能力。
产生抑菌物质，防治土传病害。枯草芽孢杆菌在生长繁殖的过程中，能够产生多种溶菌抑菌物质，比如说制霉菌素、多粘菌素、枯草菌素、短杆菌肽等活性物质。这些物质可以破坏病原菌的细胞结构，杀死病原菌。并且抑制病原菌的生长和繁殖。常在农业操作中用来预防根腐病、重茬病害等的发生。
重塑土壤中的微生物生态环境。枯草芽孢杆菌作为一种有益菌，在土壤中培育肥力起着非常重要的作用。健康的土壤由团粒结构、微生物、水、空气、有机质组成。枯草芽孢杆菌可以调控土壤生态环境，降解土壤中的有害物质，提高有机质的积累和分解，并且能够促进土壤的疏松。对恢复土壤生态系统，给作物根系提供健康的生长环境具有明显的促进作用。