MS-2水电站综合自动化系统采用分层分布开放式控制结构；系统采用WindowS操作系统，应用软件采用MS-2水电站组态应用软件；网络采用以太网，TCP/IP协议，传输速率10Mbps/100 Mbps自适应。
系统设计为两层：上位机层（电站主控层）和现地控制单元。上位机层一般根据水电站的规模、特点，以及在系统中的作用、地位、功能等要求，由下面几个部分灵活配置构成：数据库机、操作员工作站、工程师站、仿真工作站、通信工作站、GPS时钟、电话语音报警、模拟信号返回屏、操作员控制台等。现地控制单元可以按被控对象设置：机组LCU、开关站LCU、公用设备LCU、闸门LCU等。
MS-2系统功能齐全、可靠，集自动控制、保护、测量、信号和远动功能于一体。配置灵活、经济，用户操作方便，可应用于中、小型水电站机组的保护、控制、测量、监视，并可与上级调度中心、水情监测系统、大坝安全自动监测系统通讯，实现水电站“无人值班、少人值守”的要求，达到安全经济运行的目的。
在MS-2系统中，现地控制单元考虑了多种方案供设计时选择。用户可根据水电站实际监控功能的需求情况，进行技术经济比较，选择性能价格比优越的配置方案。