菌群移植又叫“粪菌移植”，简称 FMT，定义：重建患者的肠道生态来达到相关疾病的治疗。简单点说就是从健康人的大便中提取出来的有益菌群移植到患者肠道内进行相关疾病的治疗。
这个技术就是将来自健康供体的新鲜或冻存粪便，通过分离、洗涤、除味、纯化而获得高丰度功能菌群，通过结肠镜、鼻饲管及口服等途径移植到患者肠道，重建肠道微生态平衡，治疗与肠道菌群失衡有关的疾病。其安全性、有效性、低成本性引起了医疗界的广泛关注，并成为未来5-8年医疗机构引进的技术热点。
这个技术是个非常成熟的生物技术，在国内已经开展近5年左右的时间，也就是在2019年国家把“菌群移植”定为非限制三类生物技术。
粪菌移植：应用以艰难梭菌感染（CDI）和炎症性肠病（IBD）为主，同时对便秘、癫痫、糖尿病、多重耐药菌、尿路感染、自闭症、肿瘤等探索性治疗增加，目前应用范围已包含20多种疾病。