代理记账和财务外包在服务对象、服务内容上存在一些显著的区别。
服务对象：代理记账的服务对象多为不具备设置会计机构与会计人员的中小企业，包括初创、中小微企业等。而财务外包的服务对象不仅包括不具备设置会计机构与会计人员的中小企业，还包括大型企业，集团公司，甚至是跨国公司。
服务内容：代理记账主要根据客户提供的发票做账务处理，形成一套供税务部门查看的账，俗称“外账”，但这个账并不完全基于企业的实际经营情况，脱离了企业的实际经营，不能为企业的经营管理所使用。在金税四期全面推行的当下，还可能存在较大的税务风险。
而财务外包的服务内容则以企业的实际发生业务为基础的全盘财务税务处理，包括但不限于一张"白条"也可入账，是名副其实的“经营账”。此外，财务外包还可以是一个或几个财务模块的外包，甚至是一个或几个财务职能的外包，比如出纳、记账、财务分析等。