指排污单位向环境保护行政主管部门提出申请后,环境保护行政主管部门经审查发放的允许排污单位排放一定数量污染物的凭证。排污许可证属于环境保护许可证中的重要组成部分，而且被广泛使用。排污许可证制度,是指有关排污许可证的申请、审核、颁发、中止、吊销、监督管理和罚则等方面规定的总称。
1、依据不同：城市排水许可证依据《城市排水许可管理办法》；排污许可证依据《排污许可证管理暂行规定》，北京这边是依据《北京市排污许可证管理办法》
2、发放范围不同：城市排水许可证发放对象是向城市排水光武及其附属排放污水的排水户；排污许可证原则上包括所有向环境直接排放或间接排放污水和废气污染物的点源排污单位。
3、排放要求不同：仅对于城市纳管排水户来说，城市排水许可证对其水量、入网水质做了规定；排污许可证还增加了污染物总量控制的要求。
4、发证单位不同：城市排水许可证由城建部门负责发放；排污许可证由环 保 部 门 负责发放，
他们之间的联系是：
1、城市纳管排水户应同时申领排污许可证和排水许可证。
2、城市纳管排水户排放污水必须同时满足排污许可证和排水许可证的要求，即两种许可证中严格的规定。
