申请ISO45001认证的流程大致分为：报名、培训、管理体系文件设计，实施及调整，内控环境评审，认证机构审核，业务体系认证，信息披露和发证，并维持认证状态。
1、报名：进行报名登记，获取系统文件及认证要求，与认证机构签订服务协议，及时准备认证所需的各种相关资料。
2、培训：培训可以自行组织，也可以到认证机构报名参加培训。培训过程中了解不同质量和安全的规范要求，并完成培训证书认证，为进行管理体系文件设计，实施及调整打下基础。
3、管理体系文件设计，实施及调整：根据认证要求，设计内控环境相关管理文件，如组织架构、职责权限、业务流程、行业规范、安全和健康方面的管理制度，以及管理体系文件存档记录等。
4、内控环境评审：认证机构审核完管理体系文件后，对企业内控环境进行评审，对企业众多流程的有效性，规范的属性以及评估企业的管理体系效果、开展能力等各项内容都要进行深入的调查。
5、认证机构审核：审核成绩合格后，企业可根据认证机构的要求及时报送认证申请。