食品经营许可证核发（从事食品销售、食品制售的经营者）、食品经营许可证变更（涉及现场核查）首先提出申请，需要现场核查的，组织现场核查通过后，核发食品经营许可证。不符合许可条件的不予以许可。
深圳食品经营许可证办理流程：
(1) 前期需花费足够的时间整理好相关申请资料；
(2) 准备好资料后在网上或者到窗口提交申请；
(3) 在网上或窗口申请通过之后，相关部门会组织人员开展经营场所现场核查；
(4) 现场审查完毕之后会出具审核意见，将有关信息和材料报送审核环节；
(5) 规定工作日后作出审批结论，审批合格的，作出同意核发《食品经营许可证》的结论；审批不通过的，作出不予许可的结论；
(6) 根据审批意见或结论，生成相应的文书：经审批合格的，生成《食品经营许可证》；审批不通过的，生成《不予食品经营许可决定书》。
(7) 结果公示，许可机关自作出审批决定之日起同步在网上公示许可信息。
(8) 结果送达，申报人按约定的方式通过服务窗口领取办理结果文书。
深圳食品经营许可证办理需要提交的材料：
（1）食品经营许可申请书；
（2）营业执照，法人登记证等文件；
（3）与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；
portant;">（4）食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。