北京排水许可证疑难问题可能包括但不限于以下几点：
排水管道混接：指污水管道和雨水管道在没有进入市政井前出现汇聚的情况，导致雨水和污水混在一起，共同排入到一个市政井中。这种现象被称为雨污混流，是不符合国家排水要求的，会造成优质水的浪费及污染。
缺乏必要的排水设备：有些单位或小区可能没有配备必要的排水设备，如污水井、雨水井等，导致排水许可证办理过程中审核无法通过。
排水水质不达标：由于各种原因，如设备老化、管道腐蚀等原因，可能导致排水水质不达标，无法满足国家或地方规定的排放标准。
缺乏合理的排水规划：在一些地区，可能缺乏合理的排水规划，导致排水管道布置不合理，排水不畅，影响排水许可证的办理。
涉及特殊行业或特定领域：某些行业或领域可能存在特殊的排水要求和规定，如医院、污水处理厂、垃圾填埋场等，这些领域的排水许可证办理可能需要额外的材料和审批程序。
其他疑难问题：如缺乏相关手续、资料不齐全、现场条件不符合要求等等，也可能导致排水许可证办理过程中出现疑难问题。
以上只是可能出现的一些问题，具体情况可能因地区、行业、具体情况等因素而有所不同。如果您在办理排水许可证过程中遇到任何问题，建议及时咨询相关部门或人士的意见。