如果办理亦庄食品经营许可证时遇到面积不够免核查的疑难问题，可以尝试以下处理方法：
了解相关规定和政策：首先需要了解当地食品经营许可证办理时对于面积的要求和相关规定。可以查阅当地政府或相关部门发布的官方文件或政策法规，了解具体的规定和标准。
咨询机构或相关部门：如果对相关规定和政策不够了解或有疑问，可以咨询当地食品药品监管部门或相关机构。他们可以提供具体的指导和建议，帮助你了解办理食品经营许可证所需的条件和要求。
准备充分材料：在办理食品经营许可证时，需要提交一系列的材料，包括申请书、营业执照、身份证明、经营场所证明等。如果面积不够，需要提供合理的解释和证明材料。例如，可以提供租赁合同、房产证明等证明材料，证明你正在使用的经营场所的面积确实不够。
说明情况并提供解决方案：在提交申请时，可以附上一份情况说明，详细解释经营场所面积不够的原因，并提供可能的解决方案。例如，可以说明正在寻找合适的更大经营场所，或者提供一份改造或扩建计划，表明未来将满足相关面积要求。
积极沟通并协商：如果遇到疑难问题，可以积极与相关部门或机构进行沟通和协商。说明你的具体情况和困难，寻求他们的帮助和支持，共同寻找合适的解决方案。
办理亦庄食品经营许可证时如果遇到面积不够免核查的疑难问题，需要了解相关规定和政策，准备充分材料，说明情况并提供解决方案，积极沟通并协商。通过这些方法，可能能够解决疑难问题并成功办理食品经营许可证。