环境管理体系认证书可以在当地政府服务中心办理。如果是企业自行建立环境管理体系，并运行3个月以上，且具备以下条件：
1. 有相应的环境管理体系文件。
2. 建立了文件化的环境管理体系，并正式颁布。
3. 内部审核和管理评审已经进行。
4. 已经按照文件要求进行培训。
5. 具备开展环境管理工作的资源。
则可以向有资质的认证机构（如中国船级社CCS、中国检验认证集团CCIC等）申请ISO14001环境管理体系认证，一般需要提交以下文件：
1. 环境手册。
2. 环境管理体系程序文件、管理规定或实施手册。
3. 环境管理体系内审计划及记录。
4. 环境管理体系管理评审计划及记录。
5. 培训计划及记录。
6. 法律法规测试报告。
7. 重要环境因素评估报告/环境影响评价报告及批复。
8. 仪器、设备档案（清单）。
9. 仪器、设备检定或校准报告。
10. 车间/仓库有害物质清单。
11. 现场环境检测报告（必要时）。
12. 厂房平面布置图/组织机构图。
13. 营业执照和相关资质证明（必要时）。
14. EMS相关过程流程图、关键环境因素分布图（必要时）。
15. 其他认证证书或验收报告（如有）。
16. 内审检查表。
17. 内审不符合项整改报告、措施计划完成情况记录。
18. 证后监督计划、不符合项汇总表、监督验收报告及证书延续申请表。
以上材料准备齐全后，向有资质的认证机构提交申请，并进行现场审核和文件审核，审核合格后进行证书签发和认证周期的评定。