食品经营许可证和餐饮卫生许可证的申请有以下区别：
申请目的不同：食品经营许可证是用于食品生产和流通企业的经营许可证，而餐饮卫生许可证是用于规范餐饮企业的卫生许可证。
申请条件不同：食品经营许可证的申请条件包括具有与经营的食品品种、数量相适应的经营设备或者设施、有相应的消毒、更衣、洗涤、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤、废水处理和垃圾、废弃物存放的设备或者设施等。而餐饮卫生许可证的申请条件包括具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接进口的食品、原料和成品交叉污染，避免食品接触有毒、不洁物质等。
申请流程不同：食品经营许可证的申请流程包括填写食品经营许可证申请表、准备公司身份证、员工身份证、健康证的复印件等材料，而餐饮卫生许可证的申请流程可以参考食品经营许可证的申请流程，具体可以咨询当地卫生部门或相关机构。
证书有效期不同：食品经营许可证的有效期为5年，而餐饮卫生许可证的有效期一般是2年，到期需要更换。
需要注意的是，以上仅是简要区别，具体区别还需要根据不同地区和不同类型的许可证办理要求进行比较。同时，无论是食品经营许可证还是餐饮卫生许可证，都是规范食品生产和经营的重要证件，需要认真办理。