1、保护对象不同。商标所保护的主要是图形或者文字以及二者构成的注册商标，版权主要保护文学或者艺术等原创作品。
2、保护时间不同。商标的有效期是10年，等待有效期满后可以继续注册，版权的保护期为作者终生，以及死后50年。
3、申请机构不同。如果想要进行版权登记的话，需要向国家版权局提出申请，如果想要注册商标的话，需要向国家工商行政管理商标局提出申请。
有的时候由于立场不一样所以选择也会不一样。
一般来说对于公司而言，商标注册更为重要，但是对于一些原创的作品而言，版权登记更为重要。因为对于公司或者企业而言，如果没有商标注册的话，在很多申请流程中都无法顺利进行，因为有不少申请的流程都要求有公司的商标。且商标能够给公司起到很好的规范和宣传作用。但对于一些原创作品而言，进行版权登记更为重要。所以，如果条件允许的话，可以先商标注册后再进行版权登记。