一、什么是股权变更
公司股权变更是股东行使股权经常而普遍的方式，中国《公司法》规定股东有权通过法定方式转让其全部出资或者部分出资。说白了就是股东之间签订股权转让协议以及其他的文件，修改公司的规章章程，修改公司股东的名册，更换公司出资的证明书到当地税务部门办理转股登记。
二、股权变更遇到的问题
1.股权变更其中有一项资料是需要提交被投资企业股权变更上月月末的资产负债表。土地房产等资产比例超过20%，需要在股权变更之前做资产评估。这个比例就根据被投资企业提供的上月月末的资产负债表中的数据计算。
2.被投资企业变更股权之前，公司的实收资本已经全部缴齐或者部分出资，需要提供出资人的入资单原件，并且入资单的备注是入资款。提示：这里的入资单必须是原件，不然税务有理由怀疑你虚构入资款。
3.股权转让价格可以平价、溢价或者折价转让，股权转让的价格明显偏低，税务有理由对你进行核定征收。
股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让；股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。如果股权转让价格低于净资产，转让双方是直系亲属的：双方在同一个户口本上的，提供户口本复印件；双方不在同一个户口本上的，由公关机关出具证明，或者提供公证书；双方为夫妻关系的，提供结婚证原件及复印件。
4.被投资企业在本次股权转让之前发生过股权转让的行为，需要提供转让协议及付款凭证；如果之前交过税，需要提供税票的复印件；之前没有交过税，需要在这次办理股权转让时补交上次的税款。
5.股权转让方在办理股权转让时需要申报个人所得税。个人所得税的税目为财产转让所得，税率为20%；
6.股权转让的转让双方需要缴纳印花税。税率为万分之五。